En el desierto puneño, desierto caracterizado por extremas variaciones térmicas entre el día y la noche y entre el estío y el invierno, con tórridas y gélidas temperaturas según el momento, encontramos a la chinchilla, la vicuña, el gato andino, el cóndor y en los muy alcalinos y salados lagos puneños enormes bandadas de flamencos, aquí el superpredador exclusivo es el puma, al este de la zona puneña, en tierras paulatinamente más bajas, húmedas y fértiles la fauna encuentra aumentada su diversidad: se mantiene el puma pero éste le deja el rango de superpredador focal al yaguar, el oso de anteojos o ucumari ha sido el que más ha mermado por acción antrópica encontrándose hoy en día raramente algunos ejemplares en las yungas de Salta y Jujuy (el área de difusión del oso de anteojos hace cinco siglos llegaba, por lo menos, hasta las sierras de Ancasti en Catamarca), en la zona intermedia de valles y quebradas secas se encuentran auquénidos como la llama y la alpaca, destacándose entre las aves la rhea llamada surí o ñandú. En las selvas de la yunga se encuentran ardillas coloradas o "nueceros" (Sciurus ignitus ), monos caí o tití, pavas como las yacú y la charata, y las mayores águilas del planeta: las majestuosas águilas harpías o arpías. En el ecotono de la región Noroeste con la chaqueña se encuentra el ciervo llamado taruca. Como en casi toda la Argentina continental americana son aquí también frecuentes los zorros y diversas clases de armadillos, en especial el quirquincho.
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